Peratuan perizinan agar dapat masuk ke Rutan justru banyak di jumpai kontroversi, yaitu antara para pengunjung dengan pihak Rutan sendiri. Menurut para pengunjung perlakuan yang harus diterimanya masih kurang adil, walaupun mereka bersusah payah mengantri sejak pagi, kadang kala mereka juga tidak boleh masuk dengan alasan tidak adanya ijin dari intansi yang berwenang. Menurut mereka biokrasi untuk masuk dan berkunjung terlalu rumit. Fakta tersebut sontak menjadi terbalik saat pihak Rutan menjoba untuk menjelaskan aturan-aturan yang harus di penuhi oleh pengunjung Rutan. Yaitu mulai hari dan waktu berkujung, harus mempunyai surat tertulis yang berupa ijin membesuk dari pihak Kejaksaan.